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发展目标
围绕国家重大生态环境问题,瞄准国际生态环境科学的前沿，在污染物的界面过程、污染物的生态毒理学和社会－经济－自然复合生态系统理论等方面开展前瞻性的应用基础研究，为发展环保高新技术和生态环境建设提供科学依据和决策咨询；在水处理药剂与技术、膜技术与设备、无公害农药制备技术、汽车尾气净化技术和污染环境治理与修复技术等方面进行技术创新，为污染环境治理与修复提供技术支撑并成为我国环保高新技术产业化的重要基地，把生态环境研究中心建成国际知名的生态环境科学与技术研究机构。
体制机制
在实行全员聘用合同制和职务聘任制的基础上，过渡到全员岗位聘任制，实行双聘合一，同时逐步实现人事管理与人员使用分离，建立与国际接轨的新型用人制度。
实行岗位聘任与项目聘用相结合，岗位聘任人员实行"按需设岗、公开招聘、择优聘任、契约管理"及严格考核和不断更新的机制。研究员岗位由中心聘任并报院备案，副高级及副高级以下岗位由中心审核，由研究组聘任。项目聘用人员由研究组提出申请、研究室主任审核通过后报中心人事教育处，中心批准后以合同方式聘用。
坚持对外开放，强化竞争，在中心外招聘不低于20％的岗位聘任人员，同时坚持日常考核、年度考核、聘期考核相结合的考核机制，实行后勤管理与后勤服务分离，使中心的后勤服务融入社会公共服务体系，为中心的科研工作提供高质量和高效率的服务。
创新文化
创新文化是激励不断创新的文化。我中心的创新文化是在科技工作的系统中产生的与整体科技创新价值准则相关的群体创新精神及其表现形式的总和。创新文化建设是我中心知识创新工作的重要内容，对推动我中心知识创新工程顺利实施和健康发展至关重要。
发扬生态环境中心的优良传统和作风，革除不适合知识创新的陈旧观念，逐步形成适应社会主义市场经济机制，有我们自己特色的内容完备、制度健全、中心职工认同并自觉实践的创新文化体系，建立良好的政策环境、学术环境、管理环境和园区环境，确保我中心发展战略目标和知识创新工程目标的实现。
进一步建立和完善与研究所现代管理制度相适应的各项规章制度和行为规范体系，体现依法治所的原则，实现创新体制、运作机制和评价体系的革新与完善。
不断凝炼科技创新目标，确立正确的科技价值观，实现国家需求与献身科学相结合，体现以德治所的原则，形成勇于创新、敢为人先和团队协作、共同创新的氛围。
创新文化建设的目标与任务
发扬中心的优良传统和作风，革除不适合知识创新的陈旧观念，逐步形成有我们自己特色的创新文化体系，建立良好的政策环境、学术环境、管理环境和园区环境，确保我中心发展战略目标和知识创新工程目标的实现。
根据国家的需求和我中心的战略定位及创新目标，激励中心全体职工工作的主观能动性和创新性
确立正确的科技价值观，实现国家需求与献身科学相结合，形成勇于创新、敢为人先和团队协作、共同创新的氛围。
制定中心园区总体建设规划，逐步形成信息畅通、环境优美、运转高效、形象鲜明的创新环境。
创新文化建设
设计了中心的徽标
确定了中心的所训："志存高远、励精图治、开拓进取、务实创新"
确定了中心的历史使命："团结奋进，求实创新，把生态环境研究中心建成我国生态环境科学研究的重要基地，解决中国重大生态环境问题的中坚团队，国际一流水平的研究中心。"
创新文化建设是生产力的建设。创新文化建设使生态环境研究中心对内进一步增强了凝聚力和向心力、对外提高了竞争力和吸引力、对内增进了融合性和创新性、对外提高了开放性和合作性。文化建设使生态环境研究中心在国内外树立了良好的地位和创新形象，进一步增强了中心与国内外开展具有实质性科技合作。研究中心知识创新工程试点工作的顺利实施，保证了生态环境研究中心合作的能力和信心，取得了一些显著的成效，从各方面推进了生态环境持续健康发展。
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